Sketsa logo yang disempurnakan tahun 2002 oleh Tan Abdullah Afifi
Melati: berwana Ungu; Pena berwana Hitam; Kitab berwarna Putih; Pita DFA berwarna Emas dan Menapak ke Bumi berwarna Hijau
Dikarenakan pada awalnya Madrasah Tsanawiyah Darulfunun El-Abbasiyah tidak memiliki logo, Maka Buya Dr Afifi Fauzi Abbas meminta Dr Kol. Hikmat Israr yang waktu itu masih sering berkunjung di Ciputat untuk membuatkan logo. Dari sketsa logo tersebut kemudian diberikan kepada Tan Abdullah Afifi untuk didesain ulang dan disempurnakan.
Hingga tahun 2020 dengan pertimbangan kekinian, logo tersebut kembali diminta untuk ditranformasikan menjadi logo yang kekinian. Sebab satu dan lain hal pada tahun 2023 Tan Abdullah Afifi tidak mengizinkan logo yang baru dipakai di Padang Japang tanpa meminta izin beliau terlebih dahulu.